Perpustakaan Universitas Pendidikan Ganesha dalam perkembangannya tidak terlepas dari perkembangan badan induknya, baik dari segi fasilitas fisik maupun dalam hal sumber daya yang dimiliki. Sejarah Perpustakaan Undiksha sejalan dengan sejarah Undiksha yang diawali dari berdirinya  Kursus Guru Bahasa Indonesia dan Guru Perniagaan pada tahun 1962 kedua jenis kursus tersebut digabung menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Airlangga. Pada tahun yang sama FKIP bergabung dengan Universitas Udayana dan pada saat itulah gedung perpustakaan untuk pertama kali didirikan dengan nama Perpustakaan FKIP UNUD Singaraja yang berlokasi di Jalan Pahlawan No. 1 Singaraja (Kampus Atas). Pada tahun 1963 FKIP UNUD mengalami perubahan menjadi IKIP Malang cabang Singaraja. Perkembangan selanjutnya pada tahun 1968, IKIP Malang Cabang singaraja dijadikan dua fakultas, yaitu Fakultas Keguruan dan Fakultas Ilmu Pendidikan, dan kembali menjadi bagian Universitas Udayana (UNUD). Kemudian pada tahun 1993, FKIP memisahkan diri  dengan UNUD menjadi STKIP Singaraja dan pada  saat yang sama juga dibangun gedung perpustakaan belokasi di Jalan Udayana No. 11 Singaraja (Kampus Tengah) yang untuk selanjutnya diresmikan pada tahun 1994 oleh Ketua STKIP Singaraja, yaitu Bapak I Gde Widja. Perkembangan selanjutnya pada Tahun 2001 STKIP Singarja meningkatkan statusnya   menjadi IKIP Negeri Singaraja.

Perjalanan panjang yang dilalui dari awal hingga akhirnya status IKIP Negeri Singaraja dapat ditingkatkan lagi statusnya menjadi Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha) dengan mengantongi Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 2006. Demikian pula halnya dengan perpustakaan secara otomatis ikut berubah menjadi Perpustakaan Undiksha. Adapun pejabat struktural yang pernah menduduki jabatan sebagai kepala perpustakaan, yaitu pertama kali dikepalai oleh I Gst Nyoman Sumadi (FKIP), kedua Made Suana (FKIP), ketiga dikepalai oleh Drs. Ketut Hartana (STKIP), keempat oleh Drs I Ketut Artana, S.Sos menjabat dari tahun 2002-2014. Mulai tanggal 1 Maret 2014, Perpustakaan Undiksha dikepalai oleh Dr.Made Hery Wihardika Griadhi SH, M.Si